產(chǎn)品名稱：Agilent 5191-4079 SureSelect enzymatic fragmentation kit, 16 reactions?

產(chǎn)品貨號(hào)： 5191-4079

產(chǎn)品介紹:

適用于DNA起始量在10ng-200ng之間的各種GC含量、不同樣本類型（血液、新鮮冷凍組織和FFPE），推薦在37攝氏度酶解15分鐘。

酶裂解的熱循環(huán)程序

碎片持續(xù)時(shí)間基于樣本類型和NGS讀取長(zhǎng)度

1.準(zhǔn)備基因組DNA樣本并分析其質(zhì)量

文庫(kù)制備方案要求輸入10 ng到200 ng的gDNA，初始DNA樣品體積為7 ul，用于酶促DNA損傷對(duì)于某些FFPE樣品，DNA輸入量或定量方法可能需要調(diào)整。如下詳細(xì)。為了獲得最佳的測(cè)序結(jié)果，在推薦范圍內(nèi)使用最大數(shù)量的DNA輸入

2.從新鮮生物樣品中制備高質(zhì)量的Gdna

采用合適的純化系統(tǒng)，如Qiagen’s QIAamp DNA迷你試劑盒，按照制造商的協(xié)議進(jìn)行純化準(zhǔn)備請(qǐng)注意確保基因組DNA樣本質(zhì)量高，OD為260/280范圍從1.8到2.0.使用Oubit BR dsDNA檢測(cè)試劑盒測(cè)定每個(gè)gDNA樣品的濃度。按照制造商對(duì)儀器和檢測(cè)試劑盒的說(shuō)明操作從新鮮生物樣本中提取的DNA不需要額外的DNA樣本鑒定。

3.從FFPE樣品中制備和鑒定gDNA

使用Qiagen’s QIAamp DNA FFPE組織試劑盒和Qiagen’s QIAamp DNA FFPE Tissue Kit，按照制造商的協(xié)議從FFPE組織切片中制備gDNA。分兩輪洗脫MinElute柱上的fina gDNA樣品，每輪使用30 ul緩沖液ATE。最終洗脫體積約為60 ul。

請(qǐng)注意如果組織在蛋白酶K消化一小時(shí)后出現(xiàn)不完全裂解。加入另外10 ul的蛋白酶K，在56℃繼續(xù)孵育。周期性的混合，持續(xù)3個(gè)小時(shí)。

將gDNA樣本保存在冰中，以便當(dāng)天文庫(kù)準(zhǔn)備，或在-20℃保存以備日后處理。

SureSelect平臺(tái)兼容性SureSelect酶促破裂試劑盒與下面表1所列的特定SureSelect平臺(tái)及其支持協(xié)議兼容。

請(qǐng)注意SureSelect酶斷試劑盒尚未優(yōu)化用于SureSelect^XT、SureSelect^QXT或SureSelect ^XT2體系。酶DNA片段下游的工作流程步驟詳見(jiàn)表1所列的SureSelect用戶手冊(cè)。

表1兼容SureSelect平臺(tái)

SureSelect平臺(tái) ?????????平臺(tái)議定書(shū)文件編號(hào)

SureSelect XT HS2 DNA ????G9983 – 90000

SureSelect XT HS ?????????G9702 –?90000

SureSelect XT ?Low input ??G9703-90000 ??G9703-90050(雙索引庫(kù))

產(chǎn)品名稱：Agilent 5191-4079 SureSelect enzymatic fragmentation kit, 16 reactions?

產(chǎn)品貨號(hào)： 5191-4079

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